BIOINFORMATIKA

Bioinformatika merupakan suatu bidang yang melibatkan berbagai metode analisa, sehingga dalam melakukan penelitian di bidang ini, kuantitas dan kualitas data menjadi aspek penting. Berkaitan dengan arus data yang deras mengalir ini, akan menarik untuk mencermati perbandingan perkembangan pesat semikonduktor dan genetika. Di bidang komputer, dikenal Moore’s law yang memprediksi bahwa setiap 18 bulan, jumlah transistor per satuan area pada IC, selalu berlipat dua. Dengan kata lain, kemampuan komputer akan berlipat jadi dua kali setiap 18 bulan. Pengamatan Gordon Moore ini dikeluarkan tahun 1965, dan secara ajaib selalu terbukti berlaku, setidaknya selama dua dekade ini. Hal ini menjadi motivasi dan misi Intel Corporation untuk selalu memenuhi tuntutan dari ramalan Moore.

Analog dengan Moore’s law, di dunia biologi, dikenal juga ramalan menarik dari Prof. R. Dawkins (Oxford University), yang mencoba menarik korelasi antara jumlah nucleotide-base yang bisa dibaca dengan dana ￡1000, terhadap waktu. Pada tahun 1965, diperlukan ￡1 untuk membaca 1 huruf pada RNA bakteri. Tahun 1975, ￡10 untuk satu huruf pada virus code. Pada 1985, membaca 1 huruf pada nematode memerlukan ￡1, dan pada tahun 2000 diperlukan 0.10 ￡ untuk membaca 1 huruf pada human genome project. Kalau ramalan ini benar, maka pada tahun 2012 diprediksi dengan ￡1000 dapat dianalisa E.coli yang terdiri dari 200 ribu bases. Sedangkan pada tahun 2050, diperlukan ￡1000 untuk membaca seluruh nucleotide base pairs manusia. Prediksi ini dikenal sebagai “Son of Moore’s law for genetics”, menggambarkan perkembangan yang pesat di dunia genetika.

Berangkat dari ketersediaan data genome dalam jumlah besar ini, terminologi biological-datamining menjadi sangat populer. Datamining didefinisikan sebagai proses otomatis mengekstrak suatu informasi dari sekumpulan data yang berjumlah besar. Salah satu aplikasi dari penerapan datamining di bioinformatika ini adalah pengembangan industri farmasi dan kedokteran. Informasi yang diekstrak ini dapat dimanfaatkan dalam industri medis, misalnya menekan resiko timbulnya efek samping dari terapi kanker.

 

Kegunaan Bioinformatika

a)      Bioteknologi Dalam Bidang Klinis

Bioinformatika dalam bidang klinis sering disebut sebagai informatika klinis(clinical informatics). Aplikasi dari informatika klinis ini berbentuk manajemen data-dataklinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan olehClement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun 1972.McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien penyakit gula(diabetes). Sekarang EMR ini telah diaplikasikan pada berbagai penyakit. Data yang disimpan meliputi data analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, fotorontgen, ukuran detak jantung, dan lain lain.

b)     Untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru

Bioinformatika juga menyediakan tool yang sangat penting untuk identifikasi agent penyakit yang belum dikenal penyebabnya. Banyak sekali penyakit baru yang muncul dalam dekade ini, dan diantaranya yang masih hangat adalah SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome). Pada awalnya, penyakit ini diperkirakan disebabkan oleh virus influenza karenagejalanya mirip dengan gejala pengidap influenza. Akan tetapi ternyata dugaan ini salahkarena virus influenza tidak terisolasi dari pasien. Perkirakan lain penyakit ini disebabkanoleh bakteriCand ida karena bakteri ini terisolasi dari beberapa pasien. Tapi perkiraan inijuga salah. Akhirnya ditemukan bahwa dari sebagian besar pasien SARS terisolasi virus Corona jika dilihat dari morfologinya. Sekuen genom virus ini kemudian dibaca dan dari hasil analisa dikonfirmasikan bahwa penyebab SARS adalah virusCo rona yang telah berubah (mutasi) dari virusCorona yang ada selama ini.

c)      Untuk Mendiagnosa Penyakit Baru

Untuk menangani penyakit baru diperlukan diagnosa yang akurat sehingga dapat dibedakan dengan penyakit lain. Diagnosa yang akurat ini sangat diperlukan untuk pemberian obat dan perawatan yang tepat bagi pasien. Ada beberapa cara untuk mendiagnosa suatu penyakit, antara lain: isolasi agent penyebab penyakit tersebut dan analisa morfologinya, deteksi antibodi yang dihasilkan dari infeksi dengan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA), dan deteksi gendari agent pembawa penyakit tersebut dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). 

d)     Bagaimana Penemuan Obat-obatan

Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan menemukan zat/senyawayang dapat menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit. Karena perkembangbiakan agent tersebut dipengaruhi oleh banyak faktor, maka faktor-fakto rinilah yang dijadikan target. Diantaranya adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent. Mula-mula yang harus dilakukan adalah analisa struktur dan fungsi enzim-enzim tersebut. Kemudian mencari atau mensintesa zat/senyawa yangdapat menekan fungsi dari enzim-enzim tersebut. Meskipun dengan Bioinformatika ini dapat diperkirakan senyawa yang berinteraksi dan menekan fungsi suatu enzim, namun hasilnya harus dikonfirmasi dahulu melalui eksperimen di laboratorium. Akan tetapi dengan Bioinformatika, semua proses ini bisa dilakukan lebih cepat sehingga lebih efisien baik dari segi waktu maupun finansial. Tahun 1997, Ian Wilmut dari Roslin Institute dan PPL Therapeutics Ltd,Edinburgh, Skotlandia, berhasil mengklon gen manusia yang menghasilkan faktor IX (faktor pembekuan darah), dan memasukkan ke kromosom biri-biri. Diharapkan biri-biri yang selnya mengandung gen manusia faktor IX akan menghasilkan susu yang mengandung faktor pembekuan darah. Jika berhasil diproduksi dalam jumlah banyakmaka faktor IX yang diisolasi dari susu harganya bisa lebih murah untuk membantu parapenderita hemofilia.

e)      Bioteknologi Dalam Bidang Pertanian

Bioteknologi telah diterapkan secara luas dalam bidang pertanian, antara lain yaitu:

• Pupuk Hayati (biofertiliser) yaitu suatu bahan yang berasal dari jasad hidup, khususnya mikrobia yang digunakan untuk meningkatkan kuantitas dan kualitas produksi tanaman.
• Kultur in vitro, yaitu pembiakan tanaman dengan menggunakan bagian tanaman yang ditumbuhkan pada media bernutrisi dalam kondisi aseptik.
• Kultur in vitro memungkinkan perbanyakan tanaman secara massal dalam waktu yang singkat.
• Teknologi DNA Rekombinaan, pengembangan tanaman transgenik, misalnya galur tanaman transgenik yang membawa gen cry dari Bacillus thuringiensis untuk pengendalian hama.

SUMBER :            

http://goenawanb.com/it/pengertian-bioinformatika-dan-aplikasinya/

http://bryan1912.wordpress.com/2012/04/04/dna-dalam-bioinformatika-dan-manfaat-bioinformatika/

Menggabungkan file ext. 001 dengan HJsplit

untuk anda yang suka mendownload file terutama download film.terkadang untuk film yang berkapasitas besar yang akan didonwload tak jarang dijumpai menggnakan ext. 001. jangan bingung bagaimana cara untuk memutarnya di player anda.

1. download semua file tersebut. (misal, file tersebut dipecah menjadi 3, naruto.mkv.001 naruto.mkv.002 naruto.mkv.003).
2. bila nama file yang di donwload pada saat disimpan dalam komputer anda belum sama, samakan terlebih dahulu dan kumplukan semuanya dalam satu folder.
3. jalankan aplikasi hjsplit.exe untuk menggabungkan file-file tersebut.untuk yang belum punya aplikasi hjsplit bisa di download di http://www.ziddu.com/download/13906339/hjsplit2.4.rar.html
4. setelah aplikasi dibuka klik join lalu pilih file yang akan digabungkan lalu klik start.

silahkan mencoba

Komputasi Modern

Komputasi modern yaitu suatu metode yang dilalukan untuk memcahkan suatu masalah degan algoritma tertentu sehingga mendapatkan solusi yang paling optimal. Dimana perngertian ini berawal dari kata komputasi, yang memiliki pengertian suatu cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Secara umum iIlmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.

Sejarah komputasi modern

Salah satu tokoh yang sangat mempengaruhi perkembangan komputasi modern adalah John von Neumann (1903-1957), Beliau adalah ilmuan yang meletakkan dasar-dasar komputer modern.Von Neumann telah menjadi ilmuwan besar abad 21. Von Neumann memberikan berbagai sumbangsih dalam bidang matematika, teori kuantum, game theory, fisika nuklir, dan ilmu komputer  yang di salurkan melalui karya-karyanya . Beliau juga merupakan salah satu ilmuwan yang terkait dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu.

Sejarah singkat dari perjalanan hidup dari Von Neumann , dilahirkan di Budapest, Hungaria pada 28 Desember 1903 dengan nama Neumann Janos. Dia adalah anak pertama dari pasangan Neumann Miksa dan Kann Margit.Nama keluarga diletakkan di depan nama asli. Sehingga dalam bahasa Inggris, nama orang tuanya menjadi Max Neumann. Pada saat Max Neumann memperoleh gelar, maka namanya berubah menjadi Von Neumann. Setelah bergelar doktor dalam ilmu hukum, dia menjadi pengacara untuk sebuah bank. Pada tahun 1903, Budapest merupakan  tempat lahirnya para manusia genius dari bidang sains, penulis, seniman dan musisi.

Von Neumann belajar berbagai tempat dan beberapa tempatnya di Berlin dan Zurich. Di tempat itu beliau mendapatkan diploma pada bidang teknik kimia pada tahun 1926. Pada tahun yang sama dia mendapatkan gelar doktor pada bidang matematika dari Universitas Budapest. Keahlian Von Neumann terletak pada bidang teori game yang melahirkan konsep seluler automata, teknologi bom atom, dan komputasi modern yang kemudian melahirkan komputer. Kegeniusannya dalam bidang matematika telah terlihat semenjak kecil dengan mampu melakukan pembagian bilangan delapan digit (angka) di dalam kepalanya.

Beliau pernah mengajar di Berlin dan Hamburg, Von Neumann pindah ke Amerika pada tahun 1930 dan bekerja di Universitas Princeton pada saat yang bersamaan Von Neumann menjadi salah satu pendiri Institute for Advanced Studies.

Von Neumann sangat tertarik pada hidrodinamika dan kesulitan penyelesaian persamaan diferensial parsial nonlinier yang digunakan, Von Neumann kemudian beralih dalam bidang komputasi. Von Neumann menjadi seorang konsultan pada pengembangan komputer ENIAC, dia merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang. Arsitektur Von Nuemann adalah seperangkat komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori.

Jenis – jenis komputasi modern

1.      Mobile computing

Mobile computing atau komputasi bergerak memiliki beberapa penjelasan, salah satunya komputasi bergerak merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel dan mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel. Contoh dari perangkat komputasi bergerak seperti GPS, juga tipe dari komputasi bergerak seperti smart phone, dan lain sebagainya.

2.      Grid computing

Komputasi grid menggunakan komputer yang terpisah oleh geografis, didistibusikan dan terhubung oleh jaringan untuk menyelasaikan masalah komputasi skala besar. Ada beberapa daftar yang dapat dugunakan untuk mengenali sistem komputasi grid

3.      Cloud computing

Komputasi cloud merupakan gaya komputasi yang terukur dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet. Komputasi cloud menggambarkan pelengkap baru, konsumsi dan layanan IT berbasis model dalam internet, dan biasanya melibatkan ketentuan dari keterukuran dinamis dan sumber daya virtual yang sering menyediakan layanan melalui internet.

Sumber:

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi

http://mohd-ridhwan.com/learning/?page_id=35

Komputasi Modern dan Paralel Processing

• Pengertian Komputasi dan Paralel Processing

Pada dasarnya Komputasi adalah proses algoritma untuk menemukan pemecahan sebuah masalah dari data input. Teori komputasi adalah sub-bidang dari matematika dan ilmu komputer. Selama ini proses perhitungan dan komputasi biasanya dikerjakan dnegan menggunakan cara manual misalnya menggunakan kertas, pena, atau batu tulis. Namun di zaman modern seperti sekarang, proses komputasi dilakukan dengan menggunakan bantuan komputer. Sedangkan Pemrosesan Paralel (Paralel Processing) adalah penggunaan lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara stimultan. Idealnya, parallel processing membuat program berjalan lebih cepat karena semakin banyak CPU yang digunakan. Tetapi dalam praktek, seringkali sulit membagi program sehingga dapat dieksekusi oleh CPU yang berbeda-beda tanpa barkaitan di antaranya.  

• Hubungan antara komputasi modern dengan paralel processing

Hubungan antara keduanya Salah satu teknik melakukan komputasi secara bersamaan denganmemanfaatkan beberapa komputer secara bersamaan. Biasanya diperlukan saat kapasitas yang diperlukan sangat besar, baik karena harus mengolah data dalam jumlah besar ataupun karena tuntutan proses komputasi yang banyak. Untuk melakukan aneka jenis komputasi paralel inidiperlukan infrastruktur mesin paralel yang terdiri dari banyak komputer yang dihubungkan dengan jaringan dan mampu bekerja secara paralel untuk menyelesaikan satu masalah. Untuk itudiperlukan aneka perangkat lunak pendukung yang biasa disebut sebagai middleware yang berperan untuk mengatur distribusi pekerjaan antar node dalam satu mesin paralel. 

Sumber:
http://www.scribd.com/doc/32982265/Parallel-Processing
http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi